Silence est l'adaptation du roman de Shusaku Endo, déjà porté à l'écran dans le film de 1971 de Masahiro Shinoda.

Ce film est un projet de longue date de Martin Scorsese, qu'il évoquait déjà dans les années 1990. XVIIème siècle, deux prêtres jésuites se rendent au Japon pour retrouver leur mentor, le père Ferreira, disparu alors qu’il tentait de répandre les enseignements du catholicisme. Au terme d’un dangereux voyage, ils découvrent un pays où le christianisme est décrété illégal et ses fidèles persécutés. Ils devront mener dans la clandestinité cette quête périlleuse qui confrontera leur foi aux pires épreuves.